В отличие от других подобных сканеров, в Agilent Microarray Scanner установлен дополнительный внешний контролер - модулятор энергии лазера на обоих каналах (красном и зеленом) для компенсации кратковременных флуктуаций. Подобная система отвечает на изменения интенсивности лазера гораздо быстрее, чем встроенные сенсоры, находящиеся внутри лазера.